ด้วยคณะรัฐมนตรี มีมติเมื่อวันที่ 19 พฤศจิกายน 2551 รับทราบรายงานผลการประชุมของคณะกรรมการเขตพัฒนาพิเศษเฉาพะกิจจังหวัดชายแดนภาคใต้ (กพต.) ในคราวประชุมครั้งที่ 3/2551 เมื่อวันที่ 4 พฤศจิกายน 2551 ในเรื่องการบูรณาการขับเคลื่อนยุทธศาสตร์การพัฒนาการศึกษาในจังหวัดชายแดนภาคใต้ มีมติให้จัดตั้งสำนักงานการศึกษาเอกชนจังหวัดและสำนักงานการศึกษาเอกชนอำเภอ เป็นหน่วยงานสังกัดสำนักงานปลัดกระทรวงศึกษาธิการ
               อาศัยอำนาจตามความในมาตรา 12 แห่งพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการกระทรวงศึกษาธิการ พ.ศ. 2546 กระทรวงศึกษาธิการ จึงจัดตั้งสำนักงานการศึกษาเอกชนจังหวัด ในจังหวัดยะลา ปัตตานี นราธิวาส สตูล และสงขลา และสำนักงานการศึกษาเอกชนอำเภอในทุกอำเภอของจังหวัดยะลา ปัตตานี นราธิวาส มีฐานะเป็นสำนักงานภายในสำนักงานปลัดประทรวงศึกษาธิการ และให้มีอำนาจดังต่อไปนี้
               1. สำนักงานการศึกษาเอกชนจังหวัด มีอำนาจหน้าที่ดังนี้
                  1.1 ประสานการจัดทำแผนพัฒนาและแผนปฏิบัติการการศึกษาเอกชนในจังหวัดให้สอดคล้องกับนโยบายของกระทรวงศึกษาธิการ และนโยบายการเสริมสร้างสันติสุขในจังหวัดชายแดนภาคใต้
                  1.2 ส่งเสริม สนับสนุน กำกับ เร่งรัด นิเทศและติดตาม การพัฒนาคุณภาพการศึกษาโรงเรียนเอกชน สถานบันศึกษาปอเนาะ และศูนย์การศึกษาอิสลามประจำมัสยิด (ตาดีกา)
                  1.3 จัดทำข้อมูลสารสนเทศเกี่ยวกับการศึกษาของโรงเรียนเอกชนทุกประเภท สถานบันศึกษาปอเนาะ และศูนย์การศึกษาอิสลามประจำมัสยิด (ตาดีกา)
                  1.4 ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้อง หรือตามที่ได้รับมอบหมาย
               2. สำนักงานการศึกษาเอกชนอำเภอ มีอำนาจหน้าที่ดังนี้
                  2.1 ประสานการจัดทำแผนปฏิบัติการการศึกษาเอกชนอำเภอ ให้สอดคล้องกับนโยบายการเสริมสร้างสันติสุขในจังหวัดชายแดน
ภาคใต้
                  2.2 ส่งเสริม สนับสนุน กำกับ เร่งรัด นิเทศและติดตาม การพัฒนาคุณภาพการศึกษาโรงเรียนเอกชน สถานบันศึกษาปอเนาะ และศูนย์การศึกษาอิสลามประจำมัสยิด (ตาดีกา)
                  2.3 จัดทำข้อมูลสารสนเทศเกี่ยวกับการศึกษาของโรงเรียนเอกชนทุกประเภท สถานบันศึกษาปอเนาะ และศูนย์การศึกษาอิสลามประจำมัสยิด (ตาดีกา)
                  2.4 ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้อง หรือตามที่ได้รับมอบหมาย 

                กระทรวงศึกษาธิการ จึงได้มีประกาศ เรื่อง การจัดตั้งสำนักงานการศึกษาเอกชนจังหวัดและสำนักงานการศึกษาเอกชนอำเภอ
โดยประกาศ ณ วันที่ 24 มีนาคม 2552 ต่อมาคณะกรรมการรัฐมนตรีพัฒนาพื้นที่พิเศษ 5 จังหวัดชายแดนภาคใต้ (รชต.) ในมีมติในคราวการประชุมเมื่อวันที่ 25 มีนาคม 2552 พิจารณาสมควรให้มีสำนักงานการศึกษาเอกชนอำเภอเพิ่มเติมในอำเภอจะนะ อำเภอเทพา อำเภอนาทวี และอำเภอสะบ้าย้อย ของจังหวัดสงขลามีฐานะเป็นสำนักงานภายในสำนักงานปลัดกระทรวงศึกษาธิการ และให้มีอำนาจหน้าที่ตามที่ปรากฏไว้ในประกาศกระทรวงศึกษาธิการเรื่องการจัดตั้งสำนักงานการศึกษาเอกชนจังหวัดและสำนักงานการศึกษาเอกชนอำเภอที่ประกาศไว้ ณ วันที่ 24 มีนาคม 2552
               โดยการจัดตั้งสำนักงานการศึกษาเอกชนอำเภอจะนะ อำเภอเทพา อำเภอนาทวี และอำเภอสะบ้าย้อย ของจังหวัดสงขลา ได้ประกาศ ตามประกาศกระทรวงศึกษาธิการ เรื่อง การจัดตั้งสำนักงานการศึกษาเอกชนอำเภอ ณ วันที่ 27 เมษายน 2552

               ต่อมากระทรวงศึกษาธิการ ได้มีประกาศกระทรวงศึกษาธิการ เรื่อง การจัดตั้งสำนักงานการศึกษาเอกชนจังหวัด และสำนักงานการศึกษาเอกชนอำเภอ ประกาศ ณ วันที่ 31 พฤษภาคม 2553 โดยมีเนื้อหาสำคัญดังนี้
               1. ให้ยกเลิกประกาศกระทรวงศึกษาธิการ เรื่อง การจัดตั้งสำนักงานการศึกษาเอกชนจังหวัดและสำนักงานการศึกษาเอกชนอำเภอ 
ลงวันที่ 24 มีนาคม 2552 และประกาศกระทรวงศึกษาธิการ เรื่อง การจัดตั้งสำนักงานการศึกษาเอกชนอำเภอ ลงวันที่ 27 เมษายน 2552
               2. ให้จัดตั้งสำนักงานการศึกษาเอกชนจังหวัดเป็นหน่วยงานภายในสำนักงานคณะกรรมการส่งเสริมการศึกษาเอกชนขึ้นในจังหวัดปัตตานี จังหวัดยะลา จังหวัดนราธิวาส จังหวัดสตูล และจังหวัดสงขลา
               3. ให้จัดตั้งสำนักงานการศึกษาเอกชนอำเภอ เป็นหน่วยงานภายในสำนักงานการศึกษาเอกชนจังหวัด ขึ้นในทุกอำเภอของจังหวัดปัตตานี จังหวัดยะลา จังหวัดนราธิวาส และจังหวัดสงขลา เฉพาะอำเภอจะนะ อำเภอนาทวี อำเภอเทพา และอำเภอสพบ้าย้อย
               4. ให้สำนักงานการศึกษาเอกชนจังหวัด และสำนักงานการศึกษาเอกชนอำเภอ เป็นหน่วยงานทางการศึกษาตาม (5) ของบทนิยามคำว่า “หน่วยงานทางการศึกษา” ในมาตรา 4 แห่งพระราชบัญญัติระเบียบข้าราชการครูและบุคลากรทางการศึกษา พ.ศ.2547
               5. ให้สำนักงานการศึกษาเอกชนจังหวัด และสำนักงานการศึกษาเอกชนอำเภอ ดูแลรับผิดชอบ ประสาน ส่งเสริมสถานศึกษาเอกชน รวมทั้งการส่งเสริมสนับสนุนสถานศึกษาปอเนาะ ศูนย์การศึกษาอิสลามประจำมัสยิด (ตาดีกา) และปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้อง หรือปฏิบัติงานอื่นตามที่ได้รับมอบหมาย